Les activités de recherche réunies sous le grand thème Territoires traitent de la relation entre l’espace et la société. Elles s’intéressent au développement et à la gouvernance des territoires, ce qui comprend autant les milieux urbains densifiés que les régions rurales et éloignées. Les projets menés dans le cadre de ce thème portent sur diverses dimensions, incluant les affaires municipales, le développement régional, les infrastructures et le transport.
L’occupation humaine des territoires résulte de l’investissement privé et public, du déploiement des infrastructures, et de la création ou de la localisation ou relocalisation des emplois. Cette réalité est souvent étudiée par l’entremise d’analyses régionales ou sectorielles. Le mouvement des biens et des personnes entre les territoires est quant à lui associé au transport et à la mobilité. Les politiques publiques territoriales interpellent également plusieurs paliers de gouvernements, de l’échelon municipal au niveau national, ce qui multiplie les possibilités de partenariat de recherche.
La programmation de recherche du thème Territoires s’articule autour de questions structurantes visant l'amélioration de la compétitivité économique des territoires, le renforcement du développement et l’attractivité des territoires au moyen de politiques publiques, de gestion, de financement et de gouvernance, et les services ou infrastructures qui pourraient favoriser le développement durable des villes et des régions.
Plusieurs études portent aussi sur la gouvernance locale, que ce soit le financement des services municipaux par la tarification ou le financement des nouveaux centres de service scolaires du Québec.